一般新的反滲透設備運行時，首先需要將操作反滲透設備及注意事項。
1、反滲透設備石英砂過濾器及活性炭過濾器需要反洗及正洗，直到出水是潔凈的水才能進行下一步工作；
2、反滲透設備加阻垢劑或者是軟化水設備的準備工作，如果是加阻垢劑，需要根據運行水量及藥箱的大小及計量泵的流量等計算，配好阻垢劑藥業及調好計量泵的加藥量。如果是采用軟化水設備，需要保證軟化水設備出水是正常的軟水；有再生樹脂等工作。
3、反滲透設備保安過濾器又叫精密過濾器，需要裝好濾芯，保證每支熔噴濾芯的密封件是否安裝好。
反滲透設備的預處理工作完成后才能繼續下步工作。
4、反滲透設備的反滲透膜根據要求安裝到每支膜殼中，注意每支膜的密封及膜殼端蓋的密封。
5、反滲透設備主機運行，采用低壓、低流量的手法將管道中的空氣趕走，只有管道中的空氣不存在設備才能正常的運行。首先壓力要保持在 0.2~0.4MPa 之間。使用低壓沖洗和排氣時，要將產生的濃水和產水排放到下水道中。如果在運行時壓力上升較快的時候，這是膜元件中存有空氣，將會產生水流與徑向的沖擊力。這樣的情況下可能就會使反滲透膜擊穿破裂，造成反滲透膜不可修復的情況。首次使用時，一定要將膜運行的壓力調節至 0.2~0.4MPa 進行沖洗，要保證反滲透系統每次啟動時都會自動低壓沖洗反滲透膜功能。這個工序時間一般為2分鐘。
6、完成了反滲透設備以上工作后，反滲透設備就可以正常運行了；但要注意觀察反滲透設備系統中的每一個壓力監測點，運行壓力是否正常；進水量及產水量和濃水量是否正常，純水水質是否達到設計要求等。